Hiện đứng đầu Hành chính viện là Viện trưởng (tương đương với Thủ tướng), một phó Viện trưởng (tương đương Phó Thủ tướng), một bí thư trưởng, một phó bí thứ trưởng, ủy viên chính vụ gồm 5 đến 7 người. Dưới đây là cơ cấu các bộ, ban ngành trong Hành chính viện từ tháng 5 năm 2016

Văn phòng Hành chính viện

Người phát ngôn Hành chính Viện

Bộ (12 bộ)

• Bộ Nội chính (內政部)
• Bộ Ngoại giao (外交部)
• Bộ Quốc phòng (國防部)
• Bộ Tài chính (財政部)
• Bộ Giáo dục (教育部)
• Bộ Pháp vụ (法務部)
• Bộ Kinh tế (經濟部)
• Bộ Giao thông (交通部)
• Bộ Lao động （勞動部）
• Bộ Văn Hóa （文化部）
• Bộ Y tế Phúc Lợi （衛生福利部）
• Bộ Khoa Học Kỹ thuật （科技部）

Ban (7 ban)

• Ủy ban Mông Tạng (蒙藏委員會)
• Ủy ban Kiều vụ (僑務委員會)
• Ủy ban Cựu chiến binh (國軍退除役官兵輔導委員會, Quốc quân thoái trừ dịch quan binh phụ đạo ủy viên hội)
• Ủy ban Các dân tộc bản xứ (原住民族委員會)
• Ủy ban Khách Gia (客家委員會)
• Ủy ban Quản lý giám sát thị trường chứng khoán (金融監督管理委員會, Kim dung giám đốc quản lý ủy viên hội)
• Uỷ ban Phát triển quốc gia (國家發展委員會 )

Ủy ban (4 ủy ban)

• Ủy ban Đại lục (大陸委員會)
• Ủy ban Nông nghiệp (農業委員會)
• Ủy ban Công trình công cộng (公共工程委員會)
• Ủy ban Năng lượng nguyên tử (原子能委員會, Nguyên tử năng ủy viên hội

Cơ quan (2)

• Cơ quan Bảo vệ Môi trường (環境保護署, Hoàn cảnh Bảo hộ thự)
• Cơ quan Tuần tra Bờ biển (海岸巡防署, Hải ngạn Tuần phòng thự)

Tổng cục (2)

• Cục Nhân sự Hành chính viện (人事行政局)
• Tổng cục Ngân sách, Kế toán và Thống kê (行政院主計處, Hành chính viện Chủ kê xử)

Cơ quan độc lập, cơ quan phụ thuộc (5)

• Ủy ban Công bằng Thương mại (公平交易委員會, Công bình giao dịch ủy viên hội)
• Ủy ban Bầu cử Trung ương (中央選舉委員會, Trung ương tuyển cử ủy viên hội)
• Ủy ban Truyền thông Quốc gia (國家通訊傳播委員會, Quốc gia Thông tấn truyền bá ủy viên hội)
• Bảo tàng Cố cung Quốc gia (國立故宮博物院, Quốc lập Cố cung Bác vật viện)
• Ngân hàng Trung ương (中央銀行, Trung ương Ngân hàng)